转基因（简称GM，也称为基因工程），在20世纪90年代中期引入的转基因（GMO）种子与通过异花授粉产生的杂交植物不同，经遗传修饰的植物具有添加的DNA链以实现所需特征。任何颜色的甜玉米都可能是通用的：市场上有一些黄色，白色和双色（双色）甜玉米的转基因品种。市场上的转基因甜玉米经过基因改造对昆虫具有毒性（抗虫性）或耐受品牌除草剂（耐除草剂）。大多数转基因甜玉米都具有这两种转基因性状。

         与大田玉米不同的是，甜玉米的种植者一直在对种植转基因种子的持观望的态度，转基因甜玉米种植速度很慢。

         2009年由一组法国科学家发现了抗综合抗性玉米（转基因玉米）对大鼠肝脏和肾脏损害。转基因作物周围也有环境问题。杂草和昆虫可以产生对除草剂和农药（如草甘膦和Bt）的抗性，这意味着植物必须能够经受日益增多的有毒化学物质的伤害。令人担忧的是，玉米的花粉很容易被风吹送到很多地方，所以常规农作物可能会被种植转基因品种的邻近农田所污染。